牙结石上黑色的东西通常是色素沉积或陈旧性牙菌斑钙化形成的硬质物质，可能与吸烟、饮茶、咖啡等饮食习惯或口腔卫生不良有关。牙结石主要由牙菌斑矿化形成，长期积累后表面可能附着外源性色素，呈现黑色或深褐色。
牙结石初期多为黄色或白色，随着时间推移，食物中的色素成分如单宁酸、咖啡因等会渗透到结石内部，导致颜色加深。吸烟者的牙结石更容易因焦油沉积而变黑。口腔内细菌代谢产物与矿物质结合后，也可能产生硫化铁等深色化合物。长期未清洁的牙结石会逐渐硬化，与牙齿表面紧密结合，普通刷牙难以去除。
极少数情况下，牙结石发黑可能与牙龈出血后血红蛋白分解有关，或存在特殊细菌感染。某些金属修复体周围的牙结石也可能因金属离子渗入呈现灰黑色。若黑色物质伴随牙龈肿痛、牙齿松动，需警惕牙周组织病变。牙结石长期存在会刺激牙龈萎缩，增加龋齿和口臭风险，建议每6-12个月进行专业洁牙。
日常应使用含焦磷酸钠的牙膏延缓牙结石形成，餐后及时漱口清除食物残渣。巴氏刷牙法能有效清洁牙龈边缘，牙线可清除邻面菌斑。减少吸烟及深色饮品摄入，定期口腔检查可早期发现牙周问题。对于已形成的黑色牙结石，需由口腔科医生采用超声波洁治器或手工刮治器清除，避免自行刮除损伤牙釉质。