粘液腺囊肿通常可以不手术，多数可通过保守治疗缓解。若囊肿反复发作、持续增大或影响功能，则需考虑手术切除。
体积较小且无症状的粘液腺囊肿可通过局部热敷、保持口腔卫生等方式促进吸收。避免反复咬伤或摩擦囊肿部位有助于防止病情加重。部分囊肿可能因唾液排出通道恢复而自行消退，期间无须特殊干预。
对于直径较大或存在感染迹象的囊肿，医生可能建议穿刺抽液并注射硬化剂治疗。若保守治疗无效或囊肿位于重要功能区域如舌下腺，手术完整切除囊壁能有效降低复发概率。术后需注意创面护理，避免辛辣刺激饮食。
日常应减少口腔黏膜刺激因素，如矫正不良咬合习惯、避免食用过硬食物。定期口腔检查有助于早期发现病变。若囊肿短期内迅速增大或伴有疼痛出血，应及时就诊评估是否存在恶变风险。