直肠神经内分泌瘤通常可以治好，治疗效果与肿瘤大小、分化程度、是否转移等因素有关。早期局限性肿瘤通过手术切除可达到治愈，晚期或转移性肿瘤需综合治疗控制病情。
肿瘤直径小于1厘米且局限于黏膜下层时，内镜下切除或局部切除术后的5年生存率较高。这类肿瘤生长缓慢，病理分级多为G1级，完整切除后复发概率低。术后需每6-12个月复查肠镜和影像学检查，监测肿瘤标志物如嗜铬粒蛋白A水平。对于直径1-2厘米的肿瘤，可能需追加根治性手术，术后辅助生长抑素类似物如醋酸奥曲肽微球注射液治疗。
当肿瘤超过2厘米或侵犯肌层时，需行根治性直肠切除术。中分化G2级肿瘤术后可能需联合放化疗，常用方案包括链脲佐菌素联合5-氟尿嘧啶。已发生肝转移的病例可采用肝动脉栓塞化疗、射频消融等局部治疗，配合长效生长抑素类似物如兰瑞肽缓释注射液控制激素分泌症状。靶向药物如依维莫司片可用于进展期肿瘤，但需注意监测血糖和肺毒性。
日常需保持低脂高纤维饮食，避免辛辣刺激肠道。术后早期从流质饮食逐渐过渡，补充优质蛋白促进伤口愈合。规律进行提肛运动改善肛门功能，避免久坐压迫会阴。定期复查异常症状如排便习惯改变、直肠出血等，监测血清5-羟吲哚乙酸水平。心理疏导有助于缓解疾病焦虑，必要时可参与肿瘤患者互助小组。