射精时尿道跟肛门疼痛可能与前列腺炎、精囊炎、尿道炎、泌尿系统结石、肛周疾病等因素有关，可通过抗感染治疗、物理治疗、手术取石等方式缓解。建议及时就医明确病因。
1、前列腺炎
前列腺炎可能导致射精时尿道及肛门疼痛，可能与细菌感染、久坐、饮酒等因素有关，通常伴随尿频、会阴部胀痛。治疗需遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星片、前列舒通胶囊、癃闭舒胶囊等药物，配合温水坐浴缓解症状。
2、精囊炎
精囊炎常与前列腺炎并发，射精时精囊收缩可引发尿道及肛门放射性疼痛，可能伴随血精、下腹坠胀。治疗需使用头孢克肟分散片、阿奇霉素肠溶胶囊等抗生素，急性期需卧床休息。
3、尿道炎
尿道黏膜炎症在射精时受到刺激可产生灼痛感，可能由淋球菌、衣原体等病原体感染导致，常伴尿道分泌物。可遵医嘱服用盐酸多西环素片、热淋清颗粒，同时需避免性生活直至痊愈。
4、泌尿系统结石
输尿管末端或膀胱结石可能在射精时因肌肉收缩移位，引发尿道及肛门牵涉痛，可能伴血尿、排尿中断。较小结石可服用排石颗粒、金钱草颗粒促进排出，较大结石需体外冲击波碎石。
5、肛周疾病
肛裂、痔疮等疾病在射精时因盆底肌收缩可加重疼痛，可能伴便血、肛门瘙痒。可外用马应龙麝香痔疮膏、普济痔疮栓，保持排便通畅，严重痔疮需手术切除。
日常需避免辛辣刺激饮食，保持每日1500-2000毫升饮水量，规律作息避免久坐。建议记录疼痛发作频率与伴随症状，就诊时携带既往检查资料。泌尿系统与肛肠疾病可能存在关联性，需完善尿常规、前列腺液检查、肛门指检等明确诊断。治疗期间应暂停性生活，避免骑自行车等压迫会阴部的活动。