肛瘘的辅助检查方法主要有肛门指检、肛门镜检查、超声检查、磁共振成像、瘘管造影等。
1、肛门指检
肛门指检是肛瘘最基础的检查方法，医生通过手指触诊可初步判断瘘管走向、内口位置及周围组织硬度。检查时患者取侧卧位，医生戴手套涂抹润滑剂后插入肛门，触诊可能发现条索状硬结或凹陷性内口。该检查无需特殊设备，但对高位复杂瘘管判断有限。
2、肛门镜检查
肛门镜能直观观察齿状线附近的内口位置，常见有硬式肛门镜和电子肛门镜两种。检查时将镜体缓慢插入肛门，充气扩张直肠后观察黏膜是否有充血、脓液溢出或凹陷性开口。可配合亚甲蓝注射提高内口识别率，但对肌肉深层瘘管显示不清晰。
3、超声检查
经肛门超声采用高频探头覆盖直肠壁，能清晰显示瘘管与括约肌的空间关系。检查前需清洁灌肠，探头外套保护套后插入直肠，通过声像图可区分单纯性瘘管与复杂性瘘管，准确率达较高水平。三维超声还能重建瘘管立体走行，为手术方案提供依据。
4、磁共振成像
盆腔磁共振成像对高位肛瘘诊断价值较高，采用T2加权像和脂肪抑制序列能多平面显示瘘管全程。患者检查前须空腹，通过不同切面图像可识别穿过肛提肌的瘘管分支、脓肿腔及与邻近器官的关系，是术前评估的金标准。
5、瘘管造影
瘘管造影通过导管向内口注入碘对比剂后进行X线摄片，能动态显示瘘管分支走向。操作时先找到外口插入细导管，缓慢推注对比剂后拍摄正侧位片，可发现造影剂向直肠或皮肤渗漏的路径。但该检查有创且对肌肉损伤显示不足，现已逐渐被无创检查替代。
肛瘘患者检查前应保持肛门清洁，避免剧烈运动摩擦患处。饮食宜清淡，多摄入燕麦、西蓝花等富含膳食纤维的食物促进排便。术后恢复期需遵医嘱使用复方角菜酸酯栓、痔疮膏等药物，定期复查确保瘘管愈合。出现发热、肛门剧痛等症状应及时就医。