藿香正气水一般不建议空腹喝，可能刺激胃肠黏膜引发不适。建议餐后半小时服用以降低不良反应风险。
藿香正气水含有乙醇及苍术、厚朴等辛温药材，空腹状态下饮用可能直接刺激胃黏膜，导致胃部灼烧感、恶心等症状。药物中的挥发性成分在空腹时吸收速度过快，可能引发头晕、心悸等反应。胃肠功能较弱者、酒精过敏人群更需避免空腹服用。餐后胃内食物可延缓药物吸收速率，减少对胃肠道的直接刺激，同时有助于药效平稳发挥。
特殊情况下如急需解暑且无法立即进食，可少量饮水稀释后服用，但仍需密切观察是否出现腹痛、呕吐等不良反应。服药期间应避免辛辣油腻食物，防止加重胃肠负担。若服药后出现皮疹、呼吸困难等过敏症状，应立即停用并就医。
服用藿香正气水期间需禁食生冷食物，避免与头孢类抗生素同服。服药后不宜驾驶或操作精密仪器。建议用药前详细阅读说明书，儿童、孕妇及慢性病患者应在医师指导下使用。出现持续腹泻或高热等严重症状时，应及时就医明确病因。