甲状腺癌的结局与病理类型、分期及治疗时机密切相关，多数分化型甲状腺癌预后良好，未分化癌预后较差。
分化型甲状腺癌包括乳头状癌和滤泡状癌，占甲状腺癌的绝大多数。这类肿瘤生长缓慢，早期患者通过手术切除联合放射性碘治疗，10年生存率较高。部分患者术后需终身服用左甲状腺素钠片以维持甲状腺功能。局部淋巴结转移者通过规范治疗仍可能获得长期生存。髓样癌具有家族遗传倾向，预后介于分化型与未分化型之间，需监测降钙素水平。未分化癌恶性程度高、进展快，确诊时多已发生远处转移，对放化疗不敏感，平均生存期较短。甲状腺癌复发多发生在术后5年内，定期复查甲状腺超声和甲状腺球蛋白检测有助于早期发现复发灶。
甲状腺癌患者应保持规律随访，术后遵医嘱调整左甲状腺素钠片剂量，避免碘摄入过量或不足；注意颈部有无新发肿块或声音嘶哑等复发征兆，适当进行有氧运动增强免疫力，保持均衡饮食控制体重，心理压力较大时可寻求专业心理咨询。日常避免颈部过度受压或外伤，育龄女性应在医生指导下规划妊娠时机。