百香果的籽一般能吃，不会对健康造成危害，但消化功能较弱的人群需谨慎食用。
百香果籽含有膳食纤维和少量油脂，咀嚼后可与果肉一同吞咽，有助于促进胃肠蠕动。籽的外壳较硬，但经过充分咀嚼或破壁处理后可被人体消化吸收。对于健康人群，适量食用百香果籽不会引起不适，反而能增加饱腹感。
胃肠功能紊乱或术后恢复期患者可能因籽的粗糙质地刺激消化道黏膜，出现腹胀或腹痛。幼儿及老年人咀嚼功能较差时，建议将百香果连籽打成果汁过滤后饮用，避免整粒吞咽造成噎呛风险。部分人群食用后可能出现籽粒随粪便排出的现象，这属于正常生理过程。
日常食用百香果时可选择成熟度高的果实，其籽粒相对柔软易嚼。搭配酸奶或蜂蜜调制能改善口感，每次建议食用1-2个为宜。胃肠敏感者可将果肉与籽分离后食用，或选择市售去籽百香果产品。若食用后出现持续腹痛、排便异常等情况，应及时就医排查是否存在消化道器质性疾病。保存时需放置于阴凉通风处，避免潮湿环境导致霉变。