药流后未清宫可能导致不完全流产、宫腔感染或异常子宫出血等后果。不完全流产时残留组织可能引发持续出血或腹痛；宫腔感染表现为发热、分泌物异味；异常出血可能发展为贫血或休克。药流后需严格随访，若阴道出血超过10-14天、出血量大于月经量或出现发热，应立即就医。
药流后妊娠组织未完全排出时，残留物会持续刺激子宫内膜，导致不规则阴道出血，出血时间可能延长至数周。血液成为细菌培养基，增加逆行感染风险，可能引发子宫内膜炎、盆腔炎等。长期残留还可能造成宫腔粘连，影响日后生育功能。部分患者会出现绒毛组织植入子宫肌层，需通过超声或血HCG监测确诊。
少数情况下残留组织可能机化形成胎盘息肉，引起间歇性大量出血，甚至需要输血治疗。若残留组织超过2厘米或血HCG水平持续不降，可能需二次清宫。极个别案例中，残留绒毛组织异常增生可发展为妊娠滋养细胞疾病，需通过病理检查明确诊断。
药流后应卧床休息3-5天，1个月内禁止盆浴和性生活，每日监测体温及出血量。建议每周复查血HCG直至恢复正常，期间出现头晕、心悸等贫血症状需及时干预。饮食上多补充动物肝脏、菠菜等富铁食物，配合维生素C促进铁吸收，避免剧烈运动加重出血。