药物流产的痛苦通常比人工流产小，但具体选择需根据妊娠时间、身体状况等因素综合评估。药物流产适用于早期妊娠，主要通过药物作用终止妊娠，疼痛程度较轻但持续时间较长；人工流产通过手术操作，疼痛较剧烈但时间短。
药物流产的疼痛主要来源于子宫收缩和孕囊排出，通常表现为下腹阵发性胀痛，类似痛经程度，多数可耐受。药物流产无需手术器械进入宫腔，减少了宫颈扩张的机械刺激，术后感染风险较低。但药物流产存在不完全流产概率，可能需要二次清宫。人工流产在麻醉下进行时疼痛感显著降低，但清醒状态下手术可能引起明显的牵拉痛或锐痛，术中需扩张宫颈并刮除子宫内膜，术后可能出现持续性隐痛或痉挛痛。人工流产操作时间短，成功率较高，但可能增加宫腔粘连或内膜损伤风险。
药物流产适合妊娠49天内、无禁忌症的健康女性，需重复用药并观察出血情况，过程持续数天至两周。人工流产适用于妊娠10周内，需术前检查排除炎症，术后恢复较快但需严格避孕。两者均可能导致月经紊乱或继发不孕，需在医生指导下选择。流产后应休息1-2周，避免剧烈运动和性生活，加强营养摄入，定期复查超声确认宫腔恢复情况。出现发热、大出血或剧烈腹痛需立即就医。