左旋肉碱在常规剂量下通常安全性较高，但过量使用可能导致胃肠不适、心律失常或代谢紊乱等危害。左旋肉碱的危害主要与使用不当、个体差异或基础疾病有关，合理补充时无须过度担忧。
左旋肉碱是人体内天然存在的氨基酸衍生物，主要参与脂肪酸代谢。健康人群通过日常饮食如红肉、乳制品等即可满足需求，额外补充通常不会造成明显危害。部分人群因运动需求或代谢异常需补充左旋肉碱时，可能出现轻度胃肠反应如恶心、腹泻，通常减量或随餐服用即可缓解。长期超剂量使用可能干扰甲状腺功能，导致心悸、多汗等症状，少数个案报告显示极高剂量可能诱发癫痫发作风险。
存在特定疾病的人群需谨慎使用左旋肉碱。肾功能不全者可能因排泄障碍导致血药浓度升高，增加心律失常风险。苯丙酮尿症患者因代谢通路异常，补充左旋肉碱可能加重甲基丙二酸蓄积。部分研究提示左旋肉碱在肠道菌群作用下可能转化为促动脉粥样硬化的代谢产物，但该结论尚存争议。孕妇、哺乳期妇女及儿童群体缺乏足够安全性数据，应避免自行补充。
建议通过膳食优先获取左旋肉碱，成人每日安全剂量通常不超过2000毫克。使用前应评估是否存在肉碱缺乏症等适应证，避免与抗凝血药物联用。若出现肌肉无力、心率异常等症状需立即停用并就医。特殊人群使用前应咨询医生或临床营养师，通过血液检测监控血浆肉碱水平，确保用药安全。