牙根囊肿不去除可能导致局部骨质破坏、继发感染或邻近牙齿松动，严重时可引发颌骨病理性骨折。牙根囊肿通常由龋坏、牙髓坏死或根尖周炎等慢性炎症刺激引起，属于颌骨内常见的囊性病变。
牙根囊肿长期存在会逐渐增大，压迫周围骨组织导致骨质吸收。早期可能仅有轻微胀痛或牙齿移位，随着囊肿扩张，可能出现面部肿胀、牙齿松动甚至脱落。囊肿壁持续分泌液体使囊腔扩大，可能破坏颌骨结构完整性。若合并细菌侵入，可能形成急性化脓性炎症，表现为剧烈疼痛、发热等全身症状。部分病例可能因骨质过度破坏导致病理性骨折，影响咀嚼功能和面部外形。
极少数情况下，长期未治疗的牙根囊肿可能发生囊壁上皮异常增生。虽然恶变概率较低，但存在组织学上的形态学改变风险。特殊体质患者可能出现囊肿向周围重要解剖结构如鼻腔、上颌窦侵袭，或压迫神经引起持续性麻木。免疫功能低下者更易继发严重感染，可能诱发颌骨骨髓炎等并发症。
建议发现牙根囊肿后及时进行根管治疗或囊肿摘除手术，术后定期复查颌骨影像。日常需保持口腔卫生，避免用患侧咀嚼硬物，出现牙龈肿胀或牙齿异常松动需立即就诊。吸烟患者应戒烟以降低感染风险，糖尿病患者需严格控制血糖以促进术后愈合。