甲亢甲状腺结节多数情况下通过规范治疗可以控制或治愈，治疗效果与结节性质、甲亢严重程度及治疗依从性有关。
甲状腺功能亢进合并甲状腺结节的治疗效果通常较好。良性结节合并甲亢时，通过抗甲状腺药物如甲巯咪唑片、丙硫氧嘧啶片等控制激素水平，配合放射性碘治疗或手术切除，多数患者甲状腺功能可恢复正常。结节性甲状腺肿伴甲亢患者，在药物控制基础上结合超声随访，部分结节可能缩小。毒性多结节性甲状腺肿需长期药物调控，必要时行甲状腺次全切除术。治疗过程中需定期监测甲状腺功能、抗体水平及结节变化，及时调整方案。
少数恶性结节合并甲亢的情况需优先处理恶性肿瘤，术后根据病理结果配合放射性碘治疗及甲状腺激素替代。未分化癌等特殊类型预后较差，但发病率极低。治疗难点在于甲亢控制不佳可能加速结节增长，而过度治疗又易引发甲状腺功能减退。个体化治疗方案和定期随访是提高疗效的关键。
甲亢甲状腺结节患者应保持低碘饮食，避免海带紫菜等高碘食物，规律作息减少情绪波动。术后患者需终身服用左甲状腺素钠片替代治疗，每3-6个月复查甲状腺功能及颈部超声。出现心悸手抖等症状加重或颈部肿块迅速增大时，应及时复诊调整治疗方案。日常可进行散步瑜伽等舒缓运动，忌烟酒及刺激性饮品。