干细胞移植和骨髓移植的主要区别在于细胞来源和采集方式，干细胞移植可来源于骨髓、外周血或脐带血，而骨髓移植仅从骨髓中采集造血干细胞。两种移植方式均可用于治疗血液系统疾病、免疫缺陷病及某些恶性肿瘤，但适用人群和操作流程存在差异。
干细胞移植根据细胞来源分为自体移植和异体移植。自体移植使用患者自身干细胞，异体移植需匹配供者干细胞。外周血干细胞通过药物动员后从血液中分离，创伤较小。脐带血干细胞来源于新生儿脐带，具有免疫原性低的优势。骨髓移植需在麻醉下穿刺髂骨抽取骨髓液，可能伴随短暂疼痛或出血风险。两种移植均需进行HLA配型，但脐带血对配型要求相对宽松。
骨髓移植的干细胞纯度较高且含有间充质干细胞，可能更利于造血重建。传统骨髓移植对供者体质要求严格，采集过程需住院监测。外周血干细胞采集需连续注射粒细胞集落刺激因子，可能引起骨痛或脾肿大。脐带血移植因细胞数量有限，多用于儿童或体型较小患者。骨髓移植后血小板恢复通常快于外周血干细胞移植，但感染风险相对较高。
接受移植前均需进行大剂量化疗或放疗清除病变细胞，可能出现黏膜炎或脏器损伤。移植后需长期服用免疫抑制剂预防移植物抗宿主病，定期监测血象和嵌合状态。保持居住环境清洁，避免生冷食物，遵医嘱进行抗感染预防。移植后半年内避免剧烈运动，定期复查评估造血功能恢复情况。