先天性睾丸萎缩通常难以完全治愈，但可通过激素替代治疗、手术矫正、辅助生殖技术、心理干预等方式改善症状和生活质量。
1、激素替代
睾酮缺乏者可长期补充十一酸睾酮、丙酸睾酮或庚酸睾酮等雄激素制剂，需定期监测激素水平。
2、手术矫正
隐睾或解剖异常者可选择睾丸固定术、假体植入术，青春期前手术效果更佳。
3、辅助生殖
严重生精障碍患者可采用睾丸取精联合试管婴儿技术，部分患者可实现生育需求。
4、心理干预
发育异常可能引发焦虑抑郁，需配合心理咨询和性健康教育，必要时使用抗抑郁药物。
建议定期复查睾丸超声和性激素水平，保持适度运动，避免高温环境，青春期患者需重点关注第二性征发育情况。