鸡蛋生吃时部分营养难以被人体充分吸收，且存在食品安全风险。生鸡蛋的蛋白质吸收率低于熟鸡蛋，生物素可能被抗生物素蛋白结合而无法利用，沙门氏菌污染风险较高。建议将鸡蛋煮熟后食用以兼顾营养与安全。
生鸡蛋的蛋白质结构紧密，人体消化酶难以完全分解，吸收率仅有50％左右，而煮熟后蛋白质变性更易消化，吸收率可提升至90％以上。蛋黄中的生物素会与蛋清中的抗生物素蛋白结合，导致这种维生素无法被肠道吸收，加热能破坏这种结合。生鸡蛋还可能携带沙门氏菌，引发腹痛、腹泻等食源性疾病，儿童、孕妇及免疫力低下者风险更高。
部分生食支持者认为加热会破坏维生素B族等热敏性成分，但实际损失量有限。生鸡蛋的脂肪和脂溶性维生素A、D、E吸收不受加热影响。日本等地区食用生鸡蛋拌饭时多选用经过巴氏杀菌的蛋品，普通市售鸡蛋不建议直接生食。运动员或健身人群为追求快速补充蛋白质而饮用生鸡蛋，其效果反而不及熟鸡蛋。
日常建议选择全熟的水煮蛋、蒸蛋或煎蛋，蛋黄完全凝固可确保杀菌效果。若需半熟食用，应选用标明可生食的灭菌蛋，并注意冷藏保存。老年人及胃肠功能较弱者更应避免生食，烹饪时可将鸡蛋加热至70℃以上并持续1分钟以上，既能保留营养又可有效杀灭致病菌。搭配番茄、菠菜等富含维生素C的蔬菜进食，还能促进鸡蛋中铁元素的吸收利用。
