母乳用微波炉加热可能破坏部分营养素，但影响程度与加热方式有关。短时低功率加热对营养破坏较小，长时间高温加热可能导致乳清蛋白变性、免疫球蛋白失活及部分维生素流失。
微波炉加热母乳时，电磁波会使水分子高速震动产生热量，这种快速升温过程可能导致局部过热。温度超过60摄氏度时，母乳中的乳铁蛋白、溶菌酶等活性物质可能部分失效，维生素C等热敏性营养素也会逐渐分解。但采用间歇加热方式，每次加热不超过15秒，充分摇晃使受热均匀后测温，可将营养损失控制在较低水平。研究显示，适度加热后母乳中脂肪、乳糖等主要营养成分仍能较好保留。
当微波炉功率设置过高或加热时间过长时，母乳中营养成分破坏明显增加。持续高温会使蛋白质分子结构改变，降低消化吸收率；部分长链多不饱和脂肪酸可能氧化；免疫球蛋白IgA的活性可能下降超过50％。特别是反复加热的母乳，营养素流失更为显著。此外微波加热可能产生热点，直接高温区域会引发更严重的营养破坏。
建议使用恒温温水浴加热母乳，将储奶容器置于40摄氏度左右温水中缓慢升温。若必须使用微波炉，选择解冻档或30％功率档位，每加热15秒取出摇晃，使温度均匀至37-40摄氏度即可。加热后须立即喂养，避免重复加热。储存母乳时应按需分装，减少加热次数，冷藏母乳保存不超过72小时，冷冻不超过3个月。
