过量食用葵花籽可能导致口腔黏膜损伤、胃肠负担加重、体重增加、过敏反应及营养失衡等问题。葵花籽虽富含不饱和脂肪酸和维生素E，但需控制摄入量。
葵花籽外壳坚硬，频繁嗑食易造成口腔黏膜机械性损伤，表现为舌尖或牙龈红肿疼痛。长期大量食用可能诱发复发性口腔溃疡，尤其对牙釉质较薄或存在龋齿者风险更高。胃肠功能较弱人群一次性摄入超过50克可能出现腹胀、嗳气等消化不良症状，因葵花籽中膳食纤维与脂肪含量较高，需较长时间消化分解。
每100克葵花籽含热量约584千卡，相当于两碗米饭的热量。连续每日食用超过30克且缺乏运动时，多余热量易转化为脂肪储存。部分品种加工过程中添加大量食盐，钠摄入超标可能引起血压波动。对坚果类食物过敏者接触葵花籽可能出现皮肤瘙痒、喉头水肿等Ⅰ型超敏反应，严重时可引发过敏性休克。
葵花籽中植酸与草酸含量较高，长期过量摄入可能干扰钙、铁等矿物质吸收。建议每日食用量控制在20克以内，优先选择原味产品，食用后及时漱口清洁口腔。儿童及老年人应适当减量，过敏体质者初次尝试需密切观察反应。存在慢性肾病或高血压患者应避免盐焗品种，保持饮食多样性可预防营养失衡。
