脑脓肿不一定有后遗症，具体与病情严重程度、治疗时机及个体差异有关。脑脓肿的后遗症主要有神经功能缺损、癫痫发作、认知障碍、脑积水、颅内感染复发等。
脑脓肿若早期发现并及时治疗，尤其是脓肿体积较小、未压迫关键脑区时，多数患者可完全康复而无明显后遗症。规范使用抗生素或手术引流后，炎症得到控制，脑组织损伤较轻，神经功能通常可逐步恢复。部分患者可能出现短暂头痛或轻微记忆力减退，但随康复训练可改善。
若脓肿体积大、位置关键或治疗延误，可能导致不可逆脑损伤。颞叶或额叶脓肿易遗留语言障碍或性格改变；运动区受累可致偏瘫；颅内压持续升高可能损伤视神经。癫痫发作多见于脓肿累及皮层者，需长期抗癫痫治疗。少数患者因蛛网膜粘连或导水管阻塞引发脑积水，需分流手术干预。
脑脓肿患者康复期应定期复查头颅影像学及脑电图，监测神经功能恢复情况。饮食需保证优质蛋白和维生素摄入，如鱼类、鸡蛋、深色蔬菜，避免高糖高脂食物加重炎症反应。适度进行认知训练和肢体康复锻炼，避免剧烈运动或情绪激动。出现头痛加重、发热或肢体无力等症状时须立即就医，警惕复发或并发症。
