在临床上，多数的慢性睾丸炎与睾丸内肉芽肿相关。可以通过特殊的染色，细菌培养或血清学实验来确定特异的病原菌。在临床上通常有以下一些疾病与肉芽肿性睾丸炎具有一定的相关性，第一，结核，随着有效抗生素的出现，结核性睾丸附睾炎的发生率逐渐降低，但是近年来由于肺结核发病率增加，结核性睾丸附睾炎的发生率又有增加的趋势。第二，梅毒，梅毒性睾丸炎可分为先天性或获得性。第三，麻风，患有麻风结节或不典型麻风病病人的睾丸可以被感染。第四，波状热，波状热主要见于中东地区。第五，类肉瘤病，类肉瘤病是全身性的肉芽肿性疾病，病因不清楚，多见于年轻的黑人。
