串联质谱异常是否严重需结合具体检测项目及异常指标判断，主要影响因素有检测项目临床意义、异常值偏离程度、是否伴随临床症状、有无遗传代谢病家族史、新生儿当前体征等。
串联质谱技术常用于新生儿遗传代谢病筛查，其异常结果可能提示氨基酸、有机酸或脂肪酸代谢障碍。部分轻微异常可能由暂时性生理波动或标本污染导致，复查后可恢复正常。但显著异常的指标如丙酰肉碱、甲基丙二酸等升高，可能提示甲基丙二酸血症等严重遗传病，需立即干预。
某些特定代谢物异常即使数值轻微偏离，也可能预示苯丙酮尿症、枫糖尿症等疾病风险。这类疾病在无症状期即需启动饮食治疗，延误干预会导致不可逆神经损伤。而部分良性变异如短链酰基肉碱轻度升高，可能属于个体差异无须特殊处理。
发现串联质谱异常应尽快至儿科遗传代谢专科复诊，完善尿有机酸分析、基因检测等检查。家长需记录喂养情况、精神状态及异常体征，避免擅自调整奶粉。确诊患儿需严格遵循特殊配方奶喂养方案，定期监测生长发育指标，部分疾病需终身管理以防止代谢危象发生。
