去眼袋手术有可能发生后遗症，但概率较低且多数可逆。常见后遗症包括暂时性肿胀、淤青，少数可能出现眼睑外翻、感染或瘢痕增生。
术后早期可能出现肿胀和皮下淤血，属于正常组织反应，通常1-2周逐渐消退。部分患者因个体差异或术中操作可能发生轻度眼睑外翻，多与局部水肿相关，多数在3个月内自行恢复。术中严格无菌操作可降低感染风险，但免疫力低下者可能出现切口红肿热痛，需及时抗感染治疗。瘢痕体质患者可能出现切口处增生性瘢痕，早期干预可改善外观。少数情况下可能因脂肪去除过多导致眼部凹陷，或损伤眼轮匝肌导致闭眼不全。
极少数情况下可能发生球后血肿压迫视神经，需紧急处理避免视力损伤。麻醉过敏反应虽罕见但需术前充分评估。术后双侧不对称可能因愈合差异导致，多数在半年内趋于自然。长期随访数据显示，规范手术下严重后遗症发生率不足百分之一，选择经验丰富的医师可显著降低风险。
建议术前完善凝血功能、心电图等检查，术后48小时内冰敷减轻肿胀，避免剧烈运动及揉眼。保持切口清洁干燥，遵医嘱使用抗生素眼膏。出现持续疼痛、视力变化或发热应及时复诊。术后1个月内避免佩戴隐形眼镜，夜间可抬高枕头减轻水肿。均衡摄入维生素C和优质蛋白有助于伤口修复，避免吸烟饮酒影响愈合。