鼻内窥镜检查一般不会产生明显痛苦，但可能引起轻微不适。检查过程中可能出现鼻腔酸胀感或异物感，多数患者可以耐受。
鼻内窥镜检查前通常使用表面麻醉剂减轻不适感，医生会选用直径较细的软性内窥镜进行操作。检查时保持平稳呼吸配合医生指令，可有效减少不适。检查时间通常持续1-3分钟，过程中可能因器械触碰鼻甲或鼻中隔产生酸胀感，但不会造成持续疼痛。部分敏感体质者可能出现打喷嚏反射或流泪反应，这些都属于正常生理现象。
极少数情况下可能出现较强烈不适，如鼻腔结构异常者可能因器械通过困难产生压迫感，急性鼻炎发作期患者可能因黏膜充血加重刺激症状。存在严重鼻中隔偏曲或鼻腔肿瘤的患者，检查时可能需要调整操作手法。这些特殊情况医生会提前评估并采取相应措施，必要时可终止检查。
检查后建议避免用力擤鼻涕1-2小时，防止黏膜损伤出血。出现少量血丝属于正常现象，若持续出血或疼痛加重需及时就医。日常保持鼻腔湿润有助于减轻检查后的干燥感，可使用生理盐水喷雾护理。检查前与医生充分沟通恐惧心理，选择经验丰富的操作者，都能帮助顺利完成检查。
