植发可能会有后遗症，但多数情况下症状轻微且可逆。植发手术属于微创操作，常见后遗症包括短期水肿、毛囊炎、移植区麻木等，极少数可能出现瘢痕增生或毛囊存活率低等问题。术后严格遵医嘱护理可降低风险。
植发后1-3天内可能出现头皮水肿，与局部麻醉和手术创伤有关，通常3-5天自行消退。术后1-2周部分患者会发生毛囊炎，表现为移植区红肿疼痛，需使用抗生素软膏如莫匹罗星软膏控制感染。约30%患者术后出现移植区暂时性麻木感，与末梢神经损伤相关，多数3-6个月逐渐恢复。少数瘢痕体质者可能在取发区形成增生性瘢痕，可通过局部注射复方倍他米松注射液改善。毛囊存活率受个体差异影响，规范操作下存活率通常超过90%，但若术中损伤毛乳头或术后护理不当，可能导致部分毛囊坏死。
极少数情况下可能发生永久性头皮感觉异常，与神经损伤程度较重有关。取发区毛囊资源不足时，可能出现供区毛发稀疏。术中消毒不严格可能引发深部感染，需静脉输注头孢呋辛钠等药物治疗。对于雄激素性脱发患者，未配合药物维持治疗可能导致原生发继续脱落，形成移植区孤岛现象。部分患者术后3-4周会出现休止期脱发，属于正常生理现象。
术后需保持头皮清洁干燥，避免抓挠移植区，睡眠时垫高头部减轻水肿。饮食宜清淡，禁烟酒及辛辣刺激食物1个月。术后1周内避免剧烈运动，2周后可逐渐恢复轻度活动。按医嘱使用米诺地尔酊促进毛发生长，定期复查评估毛囊存活情况。若出现持续红肿、渗液或发热等症状应及时就医。
