为了促进儿外科亚专业发展，满足患儿就诊需求，给广大患儿提供更加优质、精细的医疗服务，经医院党委研究决定即日起儿童分院儿外科分设为儿外一病区(下设普外、泌尿、肝胆、小儿妇科等专业)、儿外二病区(下设胸外、骨科、脑外、五官等专业)。在总院相关部门大力支持协助下，儿童分院儿外科及综合办全体工作人员在分院领导的带领下，历时一月余完成了对分院五楼的改建及装修， 2012年3月11日儿外一、儿外二两个病区将整体搬迁至装修一新的五楼新病区。这是儿童分院发展史上的一件大事，也标志着我院儿童外科专业迈入了一个新的发展里程碑时期。
儿童外科一病区拥有专业医护人员20人，拥有主任医师、副主任医师各一名，主治医师两名，硕士研究生一名。配备了儿童培养箱、儿童幅射抢救台、腹腔镜、肠镜、心电监护仪、儿童电脑控制输液泵等专用设备，并依托医技科室资源共享128排CT、MRI、床旁彩超等先进医疗设备。开展的小儿微创手术(其中腹股沟斜疝切口可小于1cm)预后良好，新生儿先天性肠道畸形手术存活率达到99%，历年急诊创伤危重病人抢救成功率均在98%以上。是渝东北片区医疗系统中唯一能独立开展儿童胆总管囊肿根治术及先天性巨结肠根治术、阴茎畸形矫治术、隐匿阴茎矫正术、尿道下裂矫治术、离断式肾盂输尿管成形术、肾母细胞瘤综合治疗等高难度手术的特色专科，其专业诊疗水平在渝东北片区居于先进地位。
儿童外科二病区是重庆市小儿先天性心脏病定点治疗专科之一。具有多名医德高尚、技术精湛的专科医师，开展多项新技术。拥有小儿胸腔镜、儿童骨折牵引床、德国产STORZ气管镜、食管镜及食管沙氏探条扩张器等先进专科设备。以小儿胸心血管外科、骨科、脑外、烧伤整形等专业为专科特色。儿童胸外常年诊治小儿漏斗胸、鸡胸、食管狭窄、膈疝、肺囊肿、纵隔肿瘤、气管异物、脓胸、心包炎、颈静脉扩张、血管瘤及常见先天性心脏病。儿童骨外诊治各型骨折、骨肿瘤、先天性髋关节脱位、马蹄内翻足及脑瘫后遗肢体畸形。儿童脑外诊治各型颅脑外伤、脑积水、颅骨缺损及脊髓拴系综合征。烧伤整形专业诊治各种烧伤及皮肤整形、植皮术等。开展的小儿漏斗胸矫形术和食管狭窄注射治疗技术达国内领先水平。
