小耳畸形与杯状耳都是先天性耳部畸形，致病因素与母体有直接关系，根据遗传学检查，属于常染色体显性遗传。在对杯状耳进行矫正治疗时，需与小耳畸形、招风耳等作出鉴别。
以下是小耳畸形与杯状耳的鉴别诊断：小耳畸形：新生儿耳部常见畸形之一，男女比例为2：1，主要表现为耳廓的形态改变，外耳的基本结构消失或部分消失，仅有部分软骨及耳垂残留，严重者没有任何结构，是最为严重的情况，也称之为无耳。该类患者除了耳廓的畸形，还常伴有同侧面部发育不良，听力减退，甚至伴有心脏、泌尿系统等的严重畸形。杯状耳：是一种介于招风耳和小耳之间的先天性畸形，主要表现为耳廓卷曲，轻者只是耳轮的自身折叠，重者则整个耳廓上部垂，盖住耳道口；耳廓前倾，亦即招风耳，但与单纯的招风耳畸形有所不同；耳廓变小，主要是耳廓长度变短；耳廓位置低，严重者较明显，且常伴有颌面部畸形。
