激光近视手术过程中通常不会感到明显疼痛，术后可能出现轻微不适或异物感。激光近视手术采用表面麻醉，术中无痛感；术后角膜修复阶段可能出现短暂畏光、流泪或酸胀感，一般1-3天可缓解。
手术过程中使用的表面麻醉眼药水能有效阻断角膜神经传导，患者在清醒状态下仅会感受到仪器接触眼睑的压力。现代准分子激光或飞秒激光设备具有红外追踪系统，可在微秒级完成角膜切削，避免传统机械刀片带来的组织牵拉痛。术后即刻出现的轻微灼热感与角膜上皮层微损伤有关，这种刺激感类似长时间配戴隐形眼镜后的疲劳症状。
约两成患者术后出现较明显的角膜神经敏感症状，表现为间断性针刺感或眼皮沉重，这与术中角膜瓣制作时神经纤维暂时性切断相关。此类症状多出现在术后6-12小时，使用医用角膜修复凝胶可加速神经末梢再生。极少数高度近视患者因切削深度较大，可能持续1周左右的调节性眼痛，需通过人工泪液和睫状肌松弛剂改善。
术后应按医嘱使用左氧氟沙星滴眼液预防感染，配合重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液促进角膜愈合。避免揉眼、游泳及长时间用眼，睡眠时佩戴防护眼罩。若出现剧烈眼痛伴视力骤降，需警惕角膜瓣移位或感染，应立即返院检查。多数患者术后3天角膜知觉逐渐恢复，1个月后视觉质量趋于稳定。