食道调搏检查过程中可能会有轻微不适感，但多数患者可以耐受。检查时需将电极导管经鼻腔插入食道，可能引发短暂恶心或异物感，通常不会造成剧烈疼痛。
检查前医生会进行表面麻醉以减轻不适，操作时间一般控制在数分钟内。部分敏感人群可能出现较强呕吐反射，可通过调整呼吸节奏缓解。检查中电极发放电脉冲刺激心脏时，部分人会有胸前灼热感或轻微心悸，这些反应会随刺激停止而消失。
极少数存在食道狭窄或严重心脏疾病的患者，可能出现导管通过困难或心律失常加重的情况。检查后偶见短暂咽喉不适或食道黏膜轻微损伤，通常1-2天可自行恢复。检查全程会有心电监护保障安全，医生会根据实时反应调整刺激强度。
建议检查前4小时禁食，穿着宽松衣物便于连接导联线。检查后2小时内避免进食过热食物，出现持续胸痛或呕血需立即就医。对吞咽困难或鼻部外伤者应提前告知医生评估风险。