新生儿蓝光治疗可能出现发热、皮疹、腹泻等副作用，但通常程度较轻且可逆。蓝光治疗主要用于新生儿高胆红素血症，通过特定波长的光线分解体内多余胆红素。
蓝光治疗过程中，部分新生儿可能出现体温调节异常，表现为皮肤温度升高或轻度发热，这与光疗设备产热及新生儿汗腺发育不完善有关。治疗期间需持续监测体温，必要时调整光疗强度或暂停治疗。皮肤暴露部位可能出现红色斑丘疹或青铜色色素沉着，多与胆红素光化学产物沉积有关，停止光疗后1-2周可自行消退。光疗可加速肠道蠕动，导致大便次数增多、水分增加，严重时可能引起脱水，需注意补充喂养量或静脉补液。少数患儿可能出现结膜充血、角膜刺激等眼部不适，规范使用遮光眼罩可有效预防。极个别病例报告过短暂低钙血症，与光疗影响维生素D代谢相关，通过钙剂补充可纠正。
严重副作用如视网膜损伤、基因突变等理论上存在可能，但临床实践中极其罕见。规范操作下，光疗设备的紫外线滤过装置能阻断有害波段，治疗时间控制在安全范围内。早产儿或合并感染的新生儿需特别注意监测，这类人群更易出现体温波动或体液失衡。若出现持续高热、血便、抽搐等异常表现，应立即终止光疗并采取医疗干预。
进行蓝光治疗期间，家长应配合医护人员做好新生儿皮肤清洁与保湿，每2-3小时翻身一次保证光照均匀，喂养间隔缩短至2小时一次并增加5%-10%的奶量。治疗结束后继续观察皮肤颜色、精神状态及排便情况，保持室内适宜温湿度。出院后定期随访胆红素水平，避免强光直射眼睛，发现嗜睡、拒奶等异常及时返院复查。日常护理注意维持脐部干燥，选择纯棉透气衣物，避免使用含酒精的皮肤护理产品。