新生儿蓝光治疗可能出现发热、皮疹、腹泻、脱水、青铜症等副作用，但多数症状轻微且可逆。蓝光治疗是新生儿高胆红素血症的常规干预手段，需在医生严格监测下进行。
蓝光治疗通过特定波长光线分解胆红素，但可能引发体温调节异常。部分新生儿在照射后出现短暂低热，通常无需特殊处理，停止照射后可自行缓解。治疗期间需定期监测体温，避免包裹过厚衣物。光疗设备产生的紫外线可能刺激皮肤，导致红斑或散在皮疹。保持皮肤清洁干燥可减少发生概率，严重时需暂停治疗并外用炉甘石洗剂缓解症状。光分解产物刺激肠蠕动加快，可能引起绿色稀便。适当增加喂养频次可预防电解质紊乱，必要时可补充口服补液盐。
少数情况下可能出现光疗相关并发症。持续腹泻可能导致脱水，表现为尿量减少、前囟凹陷，需及时静脉补液纠正。青铜症与胆汁淤积相关，皮肤呈灰绿色改变，停用光疗后数周可消退。早产儿视网膜发育不完善，长时间强光暴露可能损伤视力，需使用专用眼罩防护。极少数出现核黄素缺乏，需在医生指导下补充维生素B2片剂。
进行蓝光治疗期间应每2-4小时评估胆红素水平，避免过度治疗。维持适宜环境温度，每3小时翻身保证均匀照射。母乳喂养者需增加至每日10-12次，配方奶喂养按需调整浓度。治疗后48小时复查胆红素，观察有无反弹现象。出现嗜睡、拒奶等异常表现应立即告知医护人员，由医生评估是否调整治疗方案。