滤泡性咽炎可能自愈，但需根据病因和病情严重程度判断。多数由病毒感染引起的轻度滤泡性咽炎可能自愈，而细菌感染或反复发作的滤泡性咽炎通常需要治疗。
病毒感染引起的滤泡性咽炎通常表现为咽部充血、滤泡增生，可能伴随低热或乏力。这类情况多由鼻病毒、腺病毒等引起，具有自限性，病程约1-2周。期间注意休息、多饮水、避免刺激性食物，症状可能逐渐缓解。
细菌感染导致的滤泡性咽炎常见病原体为A组β溶血性链球菌，可能伴随高热、咽痛加剧、颈部淋巴结肿大。此类情况通常需要抗生素治疗，避免引发风湿热或肾炎等并发症。长期吸烟、胃食管反流或过敏体质者易反复发作，这类滤泡性咽炎自愈概率较低，需针对病因干预。
滤泡性咽炎患者应保持口腔清洁，每日用温盐水漱口3-4次，避免辛辣、过烫食物刺激咽部。戒烟限酒，室内使用加湿器维持空气湿度。若咽痛持续超过1周、发热超过38.5℃或出现呼吸困难，应及时就诊耳鼻喉科。儿童患者家长需注意观察进食量和精神状态，避免脱水。