电子肛门镜检查通常不会造成明显痛苦，但可能伴随轻微不适感。检查过程中可能出现肛门坠胀、异物感等短暂反应，多数患者可以耐受。
电子肛门镜检查采用直径较细的软质镜体，配合表面麻醉凝胶可显著降低不适感。检查前医生会指导患者放松肛门肌肉，镜体缓慢进入直肠时可能产生排便感，属于正常生理反应。检查时间通常仅需3-5分钟，过程中医生会通过显示器观察直肠黏膜状态，若发现息肉或出血点可能需要进行活检操作。
少数对疼痛敏感或存在肛裂、痔疮急性发作的患者，可能出现较强痛感。这类情况需提前告知医生，可采用局部浸润麻醉或调整检查方案。既往有直肠手术史、盆腔放射治疗史的患者，因组织粘连可能增加操作难度，但专业医生会通过手法调整减轻不适。
检查前2小时建议排空粪便，清洁灌肠可减少镜体摩擦带来的不适。检查后1-2天内避免辛辣刺激饮食，保持肛周清洁干燥，出现持续疼痛或便血需及时复诊。选择经验丰富的肛肠科医生操作，配合规范的术前准备能有效提升检查舒适度。