电子鼻镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能引起轻微不适或异物感。检查前会使用表面麻醉剂减轻不适，多数患者可耐受该检查。
电子鼻镜检查通过鼻腔插入直径约3-4毫米的软管，软管前端带有摄像头。检查过程中主要的不适来源于鼻腔黏膜的敏感反应，表现为局部胀感或轻微酸胀。麻醉剂可有效降低鼻腔神经敏感性，检查时间一般控制在5-10分钟，操作轻柔的医生能进一步减少不适感。部分鼻中隔偏曲或鼻腔狭窄者可能出现较强胀痛，但这种情况可通过调整检查角度缓解。
少数鼻腔急性炎症或术后患者检查时痛感可能加重，这与黏膜充血水肿有关。儿童或敏感体质者可能出现短暂流泪、打喷嚏等反射性反应。极少数对麻醉药物过敏者需提前告知医生改用其他检查方案。检查后1-2小时内麻醉消退时可能出现短暂鼻腔干燥感，通常无须特殊处理。
检查前避免用力擤鼻或使用鼻喷剂，穿着宽松衣物有助于放松身体。检查后2小时内暂勿进食过热饮食，避免用力吸鼻或抠挖鼻腔。若出现持续出血、剧烈头痛等异常情况应及时返院复查。日常保持鼻腔湿润可选用生理性海水喷雾，规律清洁空调滤网减少粉尘刺激。有过敏性鼻炎病史者建议在非发作期安排检查，检查前一周避免接触已知过敏原。