鱼腥草副作用通常较小，但部分人群可能出现胃肠不适或过敏反应。鱼腥草是常见的中药材，具有清热解毒等功效，合理使用安全性较高。
鱼腥草作为药食同源植物，常规食用或药用时副作用较轻微。新鲜鱼腥草含有挥发油成分，可能刺激胃肠黏膜，导致恶心、腹胀或腹泻，这类症状多出现在空腹食用或过量摄入时。煎煮后或干燥品刺激性降低，适合胃肠敏感者。鱼腥草注射液等制剂可能引发皮肤瘙痒、红斑等过敏反应，与个体体质相关，停药后症状可缓解。长期大剂量使用可能影响肝肾代谢功能，但日常泡水或凉拌食用无须过度担忧。
极少数情况下，鱼腥草可能诱发严重过敏反应如呼吸困难、喉头水肿，多见于有过敏史或哮喘病史者。鱼腥草含马兜铃内酰胺类物质，动物实验显示超量摄入存在肾毒性风险，但人类临床尚未见明确病例报告。孕妇、哺乳期妇女及婴幼儿应避免药用，以免影响胎儿发育或引发未知风险。
使用鱼腥草前建议咨询中医师，过敏体质者需进行皮肤测试。出现皮疹、呕吐等不良反应应立即停用。日常食用以新鲜品30克或干品10克为限，避免与寒凉食物同服加重胃肠刺激。药用制剂需严格遵循医嘱，不可自行增减剂量。