适量服用鱼油通常无明显副作用，但过量或特殊体质可能引发胃肠不适、出血倾向、免疫抑制等问题。鱼油主要含欧米伽3脂肪酸，需根据个体情况调整摄入量。
鱼油中的欧米伽3脂肪酸可能抑制血小板聚集，长期大剂量服用可能增加手术或外伤后的出血风险。部分人群服用后可能出现嗳气、腹泻等消化道反应，与鱼油中脂肪刺激胃肠黏膜有关。高剂量鱼油可能影响免疫细胞功能，对自身免疫性疾病患者需谨慎。少数过敏体质者可能对鱼油中的鱼类蛋白成分产生皮疹、呼吸困难等过敏反应。鱼油氧化变质后产生的过氧化物可能引起细胞损伤，需注意保存条件。
肝功能异常者代谢鱼油能力下降，可能导致维生素A蓄积中毒。糖尿病患者需监测血糖，鱼油可能轻微影响胰岛素敏感性。同时服用抗凝药物者需警惕出血风险叠加。孕期过量摄入鱼油可能影响胎儿发育平衡。极少数病例报告显示鱼油可能诱发心房颤动等心律失常。
建议选择有IFOS认证的鱼油产品，每日摄入量不超过3000毫克欧米伽3脂肪酸，随餐服用可减少胃肠刺激。服用期间观察排便颜色变化，避免与抗凝药物同服。儿童、孕妇及慢性病患者应在医师指导下使用，出现肌肉无力或视觉模糊需立即停用。开封后冷藏保存并在3个月内用完，避免阳光直射。日常可通过食用三文鱼、沙丁鱼等深海鱼类替代补充。