山药南瓜小米粥一般无明显危害及副作用，但过量食用或特殊体质人群可能出现胃肠不适、血糖波动、过敏反应等问题。
山药南瓜小米粥作为常见养生膳食，主要风险来源于成分特性与个体差异。山药富含黏液蛋白和淀粉酶抑制剂，短期大量摄入可能引发腹胀、排气增多等消化不良症状，尤其对胃肠功能较弱者更为明显。南瓜的高β-胡萝卜素含量可能使皮肤暂时性发黄，但停止食用后可自行消退。小米中的植酸会轻微影响矿物质吸收，长期单一食用需注意营养均衡。
糖尿病患者需警惕复合碳水化合物的升糖效应，建议搭配蛋白质食物延缓血糖上升。部分人群对南瓜或山药存在IgE介导的过敏反应，表现为皮肤瘙痒、口腔黏膜肿胀等速发症状。自身免疫性疾病患者应注意山药可能存在的免疫刺激作用。婴幼儿及吞咽功能障碍者需将粥品充分研磨，避免块状物引发呛咳风险。
建议健康人群每日食用量控制在200-300克，分次食用可减轻胃肠负担。烹饪时搭配瘦肉、绿叶蔬菜等食材可提高营养密度，避免长期单一摄入。过敏体质者初次尝试应小剂量测试，出现皮疹、腹泻等症状应立即停用。胃肠术后患者需咨询医师确定适宜食用时机，血糖异常人群应监测餐后血糖变化。日常保存需注意小米防潮霉变，隔夜粥品应充分加热灭菌后食用。