山楂干时间长了发黑若无霉变或异味一般可以食用，但若出现霉斑、酸腐味则不建议继续食用。山楂干变色可能与氧化、储存不当等因素有关。
山楂干发黑通常是由于其中含有的多酚类物质在长时间接触空气后发生氧化反应，生成褐色或黑色物质，这种自然氧化不会产生有害成分，口感可能变差但安全性无碍。储存时受潮或高温环境可能加速这一过程，若仅颜色变深而质地干燥、无异常气味，剔除发黑部分后仍可食用。
若山楂干表面出现白色或绿色霉斑、散发酸腐味或霉味，表明已滋生霉菌或腐败菌，可能产生黄曲霉毒素等有害物质，即使高温烹煮也难以完全破坏毒素，食用后可能引发腹痛、呕吐等食物中毒症状，此类情况必须丢弃处理。
日常储存山楂干建议密封后置于阴凉干燥处，避免阳光直射或潮湿环境，可放入食品干燥剂延长保质期。食用前注意观察外观与气味，轻微发黑的山楂干可搭配红枣、枸杞泡水饮用，但霉变产品务必丢弃。若误食变质山楂干后出现胃肠不适，应及时就医并携带剩余样品供检测参考。