生南瓜子和熟南瓜子在营养成分上差异不大，但功效侧重不同:生南瓜子更利于驱虫和前列腺健康，熟南瓜子则更适合补充矿物质和改善口感。
生南瓜子含有活性成分南瓜子氨酸，对绦虫、蛔虫等肠道寄生虫有麻痹作用，传统医学常用其驱虫。生南瓜子中的锌元素以游离态存在，更易被人体吸收，有助于维持前列腺正常功能。生南瓜子需彻底洗净后直接咀嚼或研磨服用，每日建议摄入量不超过50克，过量可能引起胃肠不适。
熟南瓜子经过烘烤后水分减少，蛋白质、脂肪、膳食纤维等营养素浓度相对提高。高温使部分维生素C流失，但矿物质如镁、磷、钾的利用率提升。熟制过程产生的美拉德反应赋予特殊香气，更适合作为零食食用。熟南瓜子外层薄膜经高温破坏后，更有利于铁、钙等矿物质的释放，对预防贫血和骨骼健康更有帮助。每日食用量建议控制在30克以内，避免油脂氧化产物摄入过多。
无论是生南瓜子还是熟南瓜子，都应选择无霉变、无哈喇味的新鲜产品，储存时需密封避光。生南瓜子建议冷藏保存不超过1个月，熟南瓜子开封后最好2周内食用完毕。三高人群需注意控制摄入量，对南瓜过敏者应禁用。食用后出现皮肤瘙痒、腹泻等症状应立即停用。将南瓜子作为均衡饮食的补充，配合适量运动和充足饮水，才能更好发挥其营养价值。