南瓜子生吃或熟吃各有优势，生吃能保留更多水溶性维生素，熟吃则更易消化且香味浓郁。选择需根据个人体质和需求决定。
生南瓜子含有完整的酶类和维生素B族，尤其维生素B1和叶酸含量较高，这些营养素对神经系统功能和红细胞生成有帮助。未经加热的南瓜子中植酸含量较高，可能影响矿物质吸收，但同时也保留了更多具有抗氧化作用的多酚类物质。生南瓜子外壳较硬，消化功能较弱者可能出现腹胀。
熟南瓜子经过烘烤后蛋白质变性更易消化，香气物质充分释放，口感更酥脆。加热过程会破坏部分维生素C和B族维生素，但使脂溶性维生素如维生素E更易吸收。高温处理能降低植酸含量，提升铁、锌等矿物质的生物利用率。熟制过程中可能产生少量丙烯酰胺，但正常食用量下风险极低。
建议胃肠功能正常者交替食用生熟南瓜子，每日摄入量控制在20-30克。储存时生南瓜子需冷藏防霉变，熟南瓜子应密封避光保存。对坚果过敏者、胆结石患者及消化系统术后人群应咨询医师。食用时充分咀嚼，搭配富含维生素C的水果可提升铁吸收率。长期单一食用某种形态可能造成营养失衡，建议根据季节变化调整食用方式。