小米南瓜粥一般无绝对禁忌，但存在消化功能较弱、血糖控制不稳定、体质偏寒、南瓜或小米过敏等特殊情况时需谨慎食用。
小米南瓜粥作为常见养生食品，其温和特性适合多数人群。消化功能较弱者可能出现腹胀，因小米外膜含较多膳食纤维，南瓜中的果胶也可能延缓胃排空。血糖控制不稳定人群需注意摄入量，南瓜所含碳水化合物在煮粥过程中更易被吸收，可能引起血糖波动。体质偏寒者长期大量食用可能加重手脚冰凉等症状，因小米和南瓜均属平偏凉性食材。对南瓜或小米存在过敏史的人群应避免食用，过敏反应可能表现为皮肤瘙痒或消化道不适。肾功能不全者需控制摄入频率，南瓜富含钾元素可能增加代谢负担。
建议健康人群将小米南瓜粥作为早餐或晚餐的辅助主食，每周食用3-4次为宜，每次不超过200克，可搭配鸡蛋、瘦肉等优质蛋白食物平衡营养。烹饪时可添加少量生姜或红枣中和寒性，使用糙米替代部分小米可降低升糖指数。食用后出现持续腹痛、皮疹等不适应及时停用并就医，婴幼儿及老年人建议将粥品煮至更软烂状态。特殊疾病患者应在营养师指导下调整食用量和搭配方式。