吴茱萸具有温中散寒、疏肝止痛、降逆止呕等功效，主要用于治疗脘腹冷痛、呕吐泄泻、头痛眩晕等症状。
1、温中散寒
吴茱萸性热味辛，归肝、脾、胃经，能温中散寒，适用于脾胃虚寒引起的脘腹冷痛、腹泻等症状。其有效成分如吴茱萸碱可促进胃肠蠕动，改善寒凝血瘀导致的疼痛。寒邪侵袭胃肠时，可配伍干姜、附子等药物增强温阳效果。使用时应避免过量，阴虚火旺者慎用。
2、疏肝止痛
吴茱萸能疏解肝郁气滞，缓解胁肋胀痛、疝气疼痛等症状。其挥发油成分可调节肝经气机，常与柴胡、香附同用治疗肝胃不和。对于寒凝肝脉引起的少腹冷痛，配伍小茴香、乌药效果更佳。长期情绪抑郁者可在医生指导下配伍使用。
3、降逆止呕
吴茱萸具有降逆止呕作用，适用于胃寒呕吐、呃逆等症状。其活性成分能抑制胃肠平滑肌痉挛，常与生姜、半夏配伍治疗妊娠恶阻或化疗后呕吐。胃热呕吐者不宜单独使用，需配伍黄连等清热药物。煎服时宜后下以保留挥发油成分。
4、燥湿止泻
吴茱萸能燥湿健脾，治疗寒湿型泄泻。其鞣质成分可收敛肠黏膜，减少肠道分泌，常与苍术、厚朴同用。对于五更泻或慢性肠炎，可配伍补骨脂、肉豆蔻温肾固肠。湿热泻痢者禁用，以免加重病情。
5、引火下行
吴茱萸能引上焦虚火下行，治疗口舌生疮、头痛眩晕等虚阳上浮症状。常作为佐使药与牛膝、肉桂配伍，用于高血压肝阳上亢型辅助治疗。外用研末醋调敷足心可引火归元。实热证患者不宜使用，可能加重火热症状。
使用吴茱萸时需注意辨证施治，阴虚内热者忌用，孕妇慎用。日常可配伍生姜、红枣煎汤缓解胃寒，但不宜长期大量服用。出现口干咽痛等上火症状时应停用，贮藏时需密封避光保存以保持药效。建议在中医师指导下根据体质调整用法用量，配合饮食调理如适量食用山药、薏苡仁等健脾食物。