柴胡桂枝干姜汤具有和解少阳、温化水饮的功效，主要用于治疗少阳病兼水饮内停证，常见症状包括胸胁满微结、往来寒热、心烦口渴等。
1、和解少阳
柴胡桂枝干姜汤中柴胡、黄芩配伍可疏解少阳半表半里之邪，调节气机升降失常。适用于邪犯少阳导致的胸胁苦满、口苦咽干等症状，现代多用于慢性胆囊炎、自主神经功能紊乱等疾病。
2、温化水饮
方中干姜、桂枝协同发挥温阳化饮作用，能改善水饮停聚引起的咳喘痰稀、小便不利。对慢性支气管炎、肺气肿等呼吸系统疾病伴有阳虚水停证候者尤为适宜。
3、调和寒热
通过柴胡与干姜的寒温配伍，可缓解寒热往来、厥阴上热下寒等复杂病机。临床常用于更年期综合征、肠易激综合征等寒热错杂型病症。
4、改善消化功能
方中桂枝、甘草能温运脾阳，配伍柴胡可疏肝和胃，对功能性消化不良、慢性胃炎等属肝脾不调者具有调节胃肠蠕动、促进消化液分泌的作用。
5、调节免疫
现代研究表明该方可双向调节免疫功能，对过敏性疾病、自身免疫性疾病等有辅助治疗价值，可能与方中柴胡、黄芩的抗炎免疫调节作用相关。
使用柴胡桂枝干姜汤期间应忌食生冷油腻，注意保暖避风，保持规律作息。若出现口干咽燥加重等化燥伤阴表现，应及时咨询中医师调整用药。服药期间可配合艾灸中脘、足三里等穴位增强疗效，慢性病患者建议连续用药2-4周后复诊评估。