木瓜根具有祛风除湿、舒筋活络、消肿止痛等功效，主要用于治疗风湿痹痛、跌打损伤、水肿等症状。
1、祛风除湿
木瓜根含有黄酮类、有机酸等成分，能抑制炎症因子释放，改善关节肿胀疼痛。对风湿性关节炎引起的晨僵、关节变形有缓解作用，常与防风、羌活等药材配伍使用。
2、舒筋活络
其有效成分可促进局部血液循环，缓解肌肉痉挛。适用于运动后肌肉拉伤或长期劳损导致的腰腿酸痛，外敷时配合红花油效果更佳。
3、消肿止痛
木瓜根中的齐墩果酸具有抗炎镇痛作用，能减轻跌打损伤后的皮下淤血和胀痛。新鲜根捣碎外敷可加速软组织修复。
4、利水渗湿
通过促进钠离子排泄发挥利尿效果，对心源性水肿、肾炎早期水肿有一定改善作用。使用时需配伍茯苓、泽泻等利水药材。
5、抗菌消炎
体外实验表明其提取物对金黄色葡萄球菌等致病菌有抑制作用，可用于皮肤感染初期。但严重感染仍需结合抗生素治疗。
使用木瓜根时建议咨询中医师辨证施治，孕妇及过敏体质者慎用。鲜品外敷前需测试皮肤耐受性，内服煎煮时间不宜少于30分钟。治疗期间应避免生冷饮食，配合适度拉伸运动可增强疗效。若出现皮疹、腹泻等不良反应应立即停用。