中药木瓜具有舒筋活络、和胃化湿、消食驱虫等功效，主要用于治疗风湿痹痛、脚气水肿、吐泻转筋、消化不良等症状。
1、舒筋活络
木瓜中的齐墩果酸和皂苷类成分能缓解肌肉痉挛，改善风湿性关节炎引起的关节肿痛。对腓肠肌痉挛或运动后肌肉酸痛，可用木瓜配伍牛膝煎服。
2、和胃化湿
木瓜蛋白酶能分解蛋白质，促进胃肠蠕动，适用于湿阻中焦导致的脘腹胀满。常与厚朴、陈皮同用治疗暑湿吐泻，对妊娠呕吐也有缓解作用。
3、消食驱虫
木瓜酵素可帮助分解肉类食物，其种子所含的番木瓜碱对绦虫、蛔虫有麻痹效果。小儿食积时可配合山楂使用，驱虫需配伍槟榔等药物。
4、抗炎消肿
木瓜中的黄酮类化合物能抑制前列腺素合成，外敷可缓解跌打损伤引起的局部红肿。新鲜木瓜捣碎外敷对蜜蜂蛰伤也有解毒效果。
5、养颜润肤
木瓜所含维生素C和木瓜酵素能促进皮肤新陈代谢，制成面膜可改善角质堆积。内服配合枸杞能延缓皮肤衰老，但需长期服用才见效。
使用木瓜时需注意，胃酸过多者应减少生食，孕妇慎用驱虫配方。建议将成熟木瓜与牛奶搭配制作甜品，既可促进蛋白质吸收又能缓和木瓜刺激性。日常保存应置于阴凉处，切开后需冷藏并尽快食用。若用于治疗疾病，建议在中医师指导下配伍使用，避免与抗凝血药物同服。