补肾益肠丸具有温肾健脾、涩肠止泻的功效，主要用于治疗脾肾阳虚引起的慢性腹泻、腹痛、肠鸣等症状。
1、温肾健脾
补肾益肠丸中的补骨脂、肉豆蔻等成分能温补肾阳，改善脾肾阳虚导致的畏寒肢冷、腰膝酸软。同时党参、白术可健脾益气，缓解食欲不振、消化不良。
2、涩肠止泻
方中五味子、诃子等药材具有收敛固涩作用，能有效控制慢性腹泻频次，减少水样便或黏液便。对五更泻、餐后腹泻尤为适用。
3、缓解腹痛
通过温阳散寒作用减轻脐周冷痛，配伍木香、砂仁等理气药材可改善肠鸣腹胀，适用于肠易激综合征伴随的腹部不适。
4、调节肠道功能
改善肠道菌群失衡状态，增强肠道屏障功能，对长期使用抗生素或慢性肠炎导致的肠道功能紊乱有一定修复作用。
5、辅助治疗溃疡性结肠炎
作为辅助用药时，可通过抗炎和黏膜修复作用减轻溃疡性结肠炎患者的里急后重、黏液脓血便等症状，但需配合西医规范治疗。
服用补肾益肠丸期间需忌食生冷油腻食物，慢性腹泻患者应保持腹部保暖，可配合艾灸神阙、关元等穴位增强疗效。若服药两周症状未缓解或出现便血、发热等表现，应及时就医排查克罗恩病、肠结核等器质性疾病。脾肾阳虚者平时可适量食用山药、芡实等健脾食材，避免过度劳累及熬夜。