健脾益肠丸具有健脾益气、涩肠止泻的功效，主要用于脾虚泄泻、慢性结肠炎等疾病。
1、健脾益气
健脾益肠丸中的党参、白术等成分能增强脾胃运化功能，改善食欲不振、腹胀等脾虚症状。对于长期消化不良或术后胃肠功能恢复有辅助作用。
2、涩肠止泻
该药含有的补骨脂、五味子等药材具有收敛固涩作用，可缓解慢性腹泻、大便溏稀等症状，对溃疡性结肠炎引起的腹泻效果较明显。
3、调节肠道菌群
通过黄芪等成分改善肠道微生态环境，抑制有害菌繁殖，对肠易激综合征伴随的菌群失调有一定调节作用。
4、抗炎修复
药中的延胡索、白芍能减轻肠道黏膜炎症反应，促进结肠溃疡面愈合，适用于轻度结肠黏膜损伤的修复。
5、双向调节
对腹泻型与便秘型肠易激综合征均有调节作用，通过不同成分组合实现胃肠功能的双向平衡。
使用健脾益肠丸期间应避免辛辣刺激性食物，注意腹部保暖，慢性腹泻患者需配合低渣饮食。服药2周后症状无改善或出现便血、发热等情况应立即就医。孕妇及糖尿病患者用药前需咨询医师，不宜与抗菌药物同服以免影响疗效。建议在医生指导下规范用药，定期复查肠镜评估治疗效果。