脑干急性脑梗死通常难以完全治愈，但早期干预可显著改善预后。治疗效果与梗死范围、救治时机及个体差异密切相关。
脑干急性脑梗死属于缺血性卒中中最危重的类型之一。由于脑干是生命中枢，负责调节呼吸、心跳等基本功能，即使小范围梗死也可能导致严重功能障碍。多数患者通过溶栓治疗、抗血小板聚集治疗及神经保护治疗可部分恢复功能，但常遗留吞咽困难、肢体瘫痪或平衡障碍等后遗症。超早期静脉溶栓是改善预后的关键，发病4.5小时内接受阿替普酶静脉溶栓的患者功能恢复概率较高。对于大血管闭塞者，血管内取栓术可将治疗时间窗延长至24小时，但需严格评估影像学表现。
少数轻型脑干梗死患者若及时接受综合康复治疗，包括高压氧、针灸及运动疗法，可能获得接近正常的神经功能恢复。这类患者通常梗死灶小于1.5厘米，未累及延髓生命中枢，且发病后2小时内即开始治疗。儿童及青少年因神经可塑性强，恢复潜力优于老年人，但儿童脑干梗死本身属于罕见情况。
脑干急性脑梗死患者需长期坚持康复训练，包括语言治疗、吞咽功能训练及肢体运动康复。建议采用低盐低脂饮食，控制血压血糖在理想范围，定期进行经颅多普勒超声检查监测脑血管状况。家属应学习基本护理技能，预防呛咳、跌倒等并发症，必要时可使用轮椅、防滑垫等辅助器具。心理疏导同样重要，可加入卒中患者互助小组，必要时在医生指导下使用舍曲林片等抗抑郁药物改善情绪状态。