新生儿先天性心脏病部分类型可以治愈，具体需根据心脏畸形类型、严重程度及治疗时机综合判断。主要干预方式包括药物控制、介入治疗、外科手术等。
对于简单型先天性心脏病如房间隔缺损、室间隔缺损，早期通过介入封堵或外科修补手术可实现解剖学治愈，术后心脏功能通常可恢复正常。动脉导管未闭患儿在出生后3-6个月进行弹簧圈封堵术，成功率较高。复杂型先心病如法洛四联症需分阶段手术矫正，多数患儿术后可获得较好生活质量，但可能需长期随访。部分危重病例如完全性大动脉转位，需在新生儿期实施动脉调转术，及时手术者远期预后较好。极重度病例如左心发育不良综合征，目前仍需通过姑息手术维持循环，完全治愈存在困难。
特殊类型如轻度肺动脉瓣狭窄可能无须治疗，定期随访即可。部分微小室间隔缺损存在自愈可能，约30%可在3岁前自然闭合。染色体异常合并的心脏畸形治愈率相对较低，需多学科联合管理。未及时治疗的复杂先心病可能继发肺动脉高压，此时手术机会将显著降低。早产儿合并动脉导管未闭时，部分病例可通过药物促进导管闭合。
确诊先天性心脏病的新生儿应尽早在心脏专科评估，母乳喂养期间注意观察有无气促、发绀等表现，避免剧烈哭闹和呛奶，定期进行心脏超声复查。家长需学会记录每日体重增长和喂养量，接种疫苗前需咨询心内科医生，避免到高原或密闭缺氧环境。术后患儿应遵医嘱进行心肺功能康复训练，学龄期前完成所有计划内手术者多数可正常入学。