骨髓水肿可能自愈，具体取决于病因和严重程度。轻微外伤或短期负荷过重引起的骨髓水肿通常可以自愈，而由关节炎、缺血性坏死等疾病引起的骨髓水肿一般需要医疗干预。
骨髓水肿的自愈能力与病因密切相关。由运动损伤、轻微扭伤等短期机械性刺激导致的骨髓水肿，在减少活动、充分休息后，水肿可能逐渐吸收消退。这类情况常见于运动员或体力劳动者，通过制动、冰敷等保守治疗，配合适度康复训练，通常4-12周可恢复。骨质疏松患者发生的局限性骨髓水肿，在补充钙剂、维生素D并改善骨代谢后，部分病例也能自行缓解。
但类风湿关节炎、强直性脊柱炎等慢性炎症性疾病引发的骨髓水肿，因存在持续炎症刺激，往往需要抗炎药物如塞来昔布胶囊、双氯芬酸钠缓释片控制病情。股骨头缺血性坏死导致的骨髓水肿因伴随血供障碍，可能需阿仑膦酸钠片等改善骨代谢药物，严重时需钻孔减压术或关节置换。感染性骨髓水肿必须使用注射用头孢曲松钠等抗生素治疗，否则可能进展为骨髓炎。这类病理因素引起的水肿通常无法自愈，延误治疗可能导致关节畸形或功能障碍。
骨髓水肿患者应避免剧烈运动和负重活动，急性期可局部冷敷缓解疼痛肿胀，慢性期可尝试低频脉冲电磁场等物理治疗。饮食上增加牛奶、豆制品等富钙食物，肥胖者需控制体重以减轻关节负担。若水肿持续超过3个月未缓解或伴随夜间痛、关节活动受限，应及时进行磁共振复查，由骨科或风湿免疫科医生评估是否需要药物或手术干预。日常可进行游泳、骑自行车等非负重运动维持关节活动度，但需避免跳跃、深蹲等冲击性动作。