副舟骨手术后可能出现的后遗症主要有伤口感染、局部疼痛、足弓塌陷、肌腱炎及内固定物不适等。术后需严格遵循医嘱进行康复训练，并定期复查。
伤口感染是术后较常见的并发症，多因术中消毒不彻底或术后护理不当导致，表现为红肿、渗液、发热等症状。轻度感染可通过抗生素控制，严重者需清创处理。局部疼痛可能与手术创伤、炎症反应或神经损伤有关，通常术后1-2周逐渐缓解，若持续存在需排查异位骨化或内固定刺激。足弓塌陷多见于切除副舟骨后足部力学结构改变，长期可能引发扁平足，需通过矫形鞋垫或肌肉锻炼预防。肌腱炎常因胫后肌腱牵拉过度引起，表现为内踝下方疼痛和活动受限，可通过理疗和抗炎药物改善。内固定物不适包括螺钉松动、突出或异物感，多数在骨愈合后拆除内固定即可解决。
少数患者可能出现切口瘢痕增生、关节僵硬或反射性交感神经营养不良等复杂情况。瘢痕增生与个人体质相关，可通过压力治疗或药物注射改善。关节僵硬多因康复训练不足，需在医生指导下逐步恢复活动度。反射性交感神经营养不良表现为持续性灼痛、皮肤温度异常，需早期介入神经阻滞治疗。
术后应保持伤口清洁干燥，避免过早负重活动，饮食上增加蛋白质和维生素C摄入促进组织修复。康复期可进行足趾抓毛巾、踝泵运动等低强度训练，6周后逐步过渡到平衡训练和步态矫正。若出现异常肿胀、剧烈疼痛或发热，须立即就医。定期复查X线评估骨愈合情况，必要时调整康复方案。